L'acide 3-indoleacétique est une sorte d'auxine végétale. L'auxine a de nombreux effets physiologiques liés à sa concentration. Une faible concentration peut favoriser la croissance, et une concentration élevée inhibera la croissance et tuera même les plantes. Cet effet inhibiteur est lié au fait qu'il peut induire la formation d'éthylène. Les effets physiologiques de l'auxine se manifestent à deux niveaux. Au niveau cellulaire, l'auxine peut stimuler la division des cellules de cambium; stimuler l'élongation des branches et inhiber la croissance des cellules racinaires; favoriser la différenciation des cellules du xylème et du phloème, favoriser les boutures racinaires, et réguler la morphologie du cal. Au niveau de l'organe et de la plante entière, l'auxine agit du plant à la maturation des fruits. L'auxine contrôle l'inhibition réversible de la lumière rouge de l'élongation de l'hypocotyle chez les semis; lorsqu'il passe sous les pousses, il produit un géotropisme ramifié; lorsqu'il passe du côté contre-jour des pousses, il produit un phototropisme de branche; L'acide 3-indoleacétique provoque un avantage apical et retarde la sénescence des feuilles. L'auxine favorise la floraison, induit le développement des fruits parthénocarpiques et retarde la maturité des fruits.